דווח כי תת-אלוף ישראל שומר, ראש מנהלת המבצעים של צה"ל, נחקר על ידי יחידת החקירות הפליליות של המשטרה הצבאית בחשד ל"הפרות אתיקה ויושרה". צה"ל, בהצהרה הרשמית שלו, לא התייחס ישירות לחקירה אך הודיע כי בקשתו של שומר לעזוב את תפקידו ולפרוש "מסיבות אישיות" התקבלה.
נאמר כי הרמטכ"ל של צבא ישראל, סגן אלוף אייל זמיר, אישר את פרישתו המיידית של שומר, וכי אל"ם א', ראש מחלקת התכנון של פיקוד המבצעים, ימלא את התפקיד באופן זמני עד למינוי קבוע.
על פי כלי התקשורת הישראליים, למרות שהתפטרותו של שומר הוכרזה כמרצון, נאמר כי הוא נאלץ למעשה לעזוב את תפקידו עקב חשדות סביבו. שומר, שצפוי היה להיות קודם לדרגת אלוף, נשקל למספר תפקידים בכירים, כולל פיקוד המרכז.
שומר נחקר גם על ידי המשטרה הצבאית בשנת 2015 בגין ירי והריגת הנער הפלסטיני מוחמד האני אל-קוסבה, בעודו מפקד חטיבת בנימין. תיק זה נסגר בשנת 2016, והחקירה קבעה כי שומר פתח באש בעת שהיה בתנועה, והנער הפלסטיני מת כתוצאה מירי לא מדויק.
